Đảo Lý Sơn với sự hài hòa về lợi ích kinh tế do hành trình mang lại , đã gắn liền với bảo tồn đa dạng sinh học,  cảnh quan sinh thái tự nhiên.

Phát triển các dịch vụ chương trình sinh thái bền vững, đã được nhìn nhận, cùng với đó các giải pháp về kinh tế, tài chính đầu tư cho bảo tồn đa dạng sinh học đang được tập trung phát triển.

Nguồn tài nguyên đa dạng sinh học phong phú, là tiềm năng dồi dào để phát triển kinh tế hành trình. Tuy nhiên, khi tới phát triển quá nóng đã làm gia tăng áp lực, gây suy giảm đa dạng sinh học, thu hẹp sinh cảnh, ô nhiễm môi trường…xây dựng biệt thự, khách sạn ngay cạnh biển.

Sở hữu đa dạng sinh học phong phú nhưng chưa đánh giá được đúng giá trị, các mối đe dọa, khả năng chịu tải của chúng nên phương thức Phát triển Lữ Hành dựa vào thiên nhiên chưa hợp lý, không phát huy được lợi thế và chưa có đóng góp trở lại cho các hoạt động bảo tồn đa dạng sinh học.

Nhu cầu quản lý một cách bền vững các khu vực ưu tiên bảo tồn và tăng cường tài chính để bảo tồn đa dạng sinh học là hết sức cần thiết. "Bảo tồn dịch vụ hệ sinh thái và lồng ghép mục tiêu bảo tồn trong Phát triển Lữ Hành ở Việt Nam" trong khuôn khổ hoạt động và tài trợ của Quỹ Môi trường Toàn cầu.

Lý Sơn nơi có độ đa dạng sinh học cao với các hệ sinh thái điển hình như rạn san hô, thảm cỏ biển với trên 700 loài động thực vật biển được xác định. Trong đó có 157 loài san hô, 202 loài cá biển, 137 loài rong biển, 96 loài giáp xác, 40 loài da gai, 6 loài cỏ biển...

Bên cạnh đó còn có 25 loài nằm trong danh mục các loài thuỷ sinh quý. Đây là nơi đã chứng kiến sự tồn tại và mất đi của nhiều loài sinh vật quý hiếm như san hô đen, hải sâm, tôm hùm, trai tai tượng...

Theo ban quản lý Khu bảo tồn biển Lý Sơn cho biết, nhận thức được công tác bảo tồn môi trường biển đang được quan tâm hàng đầu, Lý Sơn đang hướng đến việc xây dựng mô hình bảo tồn biển dựa vào cộng đồng quy mô vừa và nhỏ như Nhóm cộng đồng bảo vệ san hô, nhóm cộng đồng khai thác rong biển, nhóm cộng đồng làm trải nghiệm sinh thái…tại biển đảo Lý Sơn.